A | B | C | D | E | F | G | H | CH | I | J | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | X | Y | Z | 0 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9
A ChEMBL vagy ChEMBLdb egy kézzel karban tartott, a bioaktív, gyógyszerszerű molekulákat felölelő kémiai adatbázis.[1] Karbantartásáról az Egyesült Királyságban, Hinxtonban a Wellcome Trust Genome Campusban az Európai Molekuláris Biológiai Laboratóriumhoz tartozó Európai Bioinformatikai Intézet foglalkozik.
Az eredetileg StARlite néven ismert adatbázist egy Inpharmatica Ltd kezdte el fejleszteni, amit felvásárolt a Galapagos NV. Az adatbázist az EMBL a The Wellcome Trust finanszírozásával szerezte meg 2009-ben.[2] így az EMBL.EBI keretei között létrejött a ChEMBL csoport, amit John Overington vezetett.[3][4]
Fókusz és elérhetőség
A ChEMBL gyógyszer hatóanyagok bioaktivitási adatait tartalmazza. A bioaktivitást Ki, Kd, IC50, és EC50 szerint jelzik.[5] Az adatokat lehet szűrni és elemezni, hogy átkutassák vele a könyvtárakat az adott anyaggal kapcsolatban, mikor egy gyógyszert fejlesztenek ki.[6]
A ChEMBL 2. verzióját (ChEMBL_02) 2010. januárban adták ki, melyben 2,4 millió biológiai teszt eredménye található 622.824 komponensnek, köztük 24.000 természetes terméknek. Ezeket a megfigyeléseket 12 orvosi szaklapban megjelent mintegy 34.000 publikáció minősítése közben gyűjtötték össze. A ChEMBL olyan mértékben dolgozza fel az elérhető bioaktivitási adatokat,hogy ez lett „a legteljesebb, valaha látott nyilvános adatbázis.”[3] 2010. októberben a ChEMBL 8. verziója (ChEMBL_08) jelent meg, melyben 636.269 hatóanyag több mint 2,97 millió biológiai teszteredménye szerepelt.[7]
A ChEMBL_10-ben megjelentek a PubChem által jóváhagyott vizsgálatok is, hogy integráltan jelenjenek meg az adatok, és összehasonlíthatóak legyenek a ChEMBL adatbázisában addig tároltakkal.[8]
A ChEMBLdb internetes interface-en keresztül érhető el vagy letölthető File Transfer Protocolon keresztül. Úgy van megszerkesztve, hogy az adatbányászat során könnyen kezelhető legyen, és megpróbálják standardizálni a különféle kiadványok között a tevékenységeket, hogy összehasonlítható elemzések születhessenek.[1] A ChEMBL be van integrálva más nagy kémiai forrásokba is, mint a PubChem vagy a Royal Society of Chemistry ChemSpider rendszere.
Kapcsolódó források
Az adatbázis mellett a ChEMBL csoportja az adatbázis bányászathoz használható eszközöket és forrásokat is kifejlesztett.[9] Ezek egyike a Kinase SARfari, egy integrált kemogenomikus munkarész, mely a kinázokra fókuszál. A rendszerbe be van integrálva és hivatkozásként felhasznál szekvenciális, strukturális, elemi adatokat is.
A GPCR SARfari is egy hasonló rendszer, melynek központjában a GPCR.ek állnak. A ChEMBL-Neglected Tropical Diseases (ChEMBL-NTD) pedig egy olyan nyílt hozzáférésű rendszer, melyen keresztül orvoskémiai adatok, szűrések érhetőek el, melyek az endemikus, afrikai amerikai, ázsiai trópusi betegségekkel foglalkoznak. A ChEMBL-NTD elsődleges célja, hogy egy szabadon hozzáférhető, időtálló archívum legyen, és ez legyen az itt tárolt adatok legfőbb elosztó központja.[3]
2012. júliusban jelent meg egy új malária adatközpont Archiválva 2016. július 30-i dátummal a Wayback Machine-ben, melyet a Medicines for Malaria Venture (MMV) támogatott, mely a Föld több pontján is támogatta a kutatókat. Itt olyan adatokat tárolnak, melyek forrása a Malaria Box szűrőcsomag, valamint a ChEMBL-NTD adatbázisában megtalálható, támogatott tartalmak.
A myChEMBL, a ChEMBL virtuális gépe 2013. októberben indult el, hogy a felhasználóknak hozzáférésük legyen egy ingyenes és teljes, könnyen telepíthető kémiainformatikai infrastruktúrához.
2013. decemberben a SureChem szabadalmi informatikai adatbázis átkerült a EMBL-EBI-be. Ennek hatására a SureChem-et átnevezték, új neve SureChEMBL lett.
2014-ben új forrást vezettek be,[10] ami egy olyan eszköz, mely előrejelzi és összehasonlítja a különféle fajok közötti ADME célokat.[11]
Lásd még
Jegyzetek
- ↑ a b Gaulton, A (2011). „ChEMBL: a large-scale bioactivity database for drug discovery”. Nucleic Acids Research 40 (Database issue), D1100-7. o. DOI:10.1093/nar/gkr777. PMID 21948594.
- ↑ „Open access drug discovery database launches with half a million compounds | Wellcome”, wellcome.ac.uk, 2010. január 18. (Hozzáférés ideje: 2019. augusztus 31.)
- ↑ a b c Bender, A (2010). „Databases: Compound bioactivities go public”. Nature Chemical Biology 6 (5), 309. o. DOI:10.1038/nchembio.354.
- ↑ Overington J (2009. április 1.). „ChEMBL. An interview with John Overington, team leader, chemogenomics at the European Bioinformatics Institute Outstation of the European Molecular Biology Laboratory (EMBL-EBI). Interview by Wendy A. Warr”. J. Comput.-Aided Mol. Des. 23 (4), 195–8. o. DOI:10.1007/s10822-009-9260-9. PMID 19194660.
- ↑ Mok, N. Yi (2011. október 24.). „Mining the ChEMBL Database: An Efficient Chemoinformatics Workflow for Assembling an Ion Channel-Focused Screening Library”. J. Chem. Inf. Model. 51 (10), 2449–2454. o. DOI:10.1021/ci200260t. PMID 21978256.
- ↑ Brenk, R (2008. március 1.). „Lessons learnt from assembling screening libraries for drug discovery for neglected diseases”. ChemMedChem 3 (3), 435–44. o. DOI:10.1002/cmdc.200700139. PMID 18064617.
- ↑ ChEMBL-og (15 November 2010), ChEMBL_08 Released, <http://chembl.blogspot.com/2010/11/chembl08-released.html>. Hozzáférés ideje: 2010-11-15
- ↑ ChEMBL-og (6 June 2011), ChEMBL_10 Released, <http://chembl.blogspot.com/2011/06/chembl-10-released.html>. Hozzáférés ideje: 2011-06-09
- ↑ Bellis, L J (2011). „Collation and data-mining of literature bioactivity data for drug discovery.”. Biochemical Society Transactions 39 (5), 1365–1370. o. DOI:10.1042/BST0391365. PMID 21936816.
- ↑ ADME SARfari
- ↑ Davies, M (2015). „ADME SARfari: Comparative Genomics of Drug Metabolising Systems.”. Bioinformatics 31 (10), 1695–1697. o. DOI:10.1093/bioinformatics/btv010. PMID 25964657. (Hozzáférés ideje: 2015. január 8.)
Külső hivatkozások
- ChEMBLdb
- Kinase SARfari Archiválva 2016. május 15-i dátummal a Wayback Machine-ben
- ChEMBL-Neglected Tropical Disease Archive
- GPCR SARfari
- The ChEMBL-og A ChEMBL csapata által üzemeltetett, ingyenes, adatok és gyógyszerek megjelenéséről tudósító blog. team.
- ChEMBL: Gyors betekintő a EBI Train OnLine-ba
A lap szövege Creative Commons Nevezd meg! – Így add tovább! 3.0 licenc alatt van; egyes esetekben más módon is felhasználható. Részletekért lásd a felhasználási feltételeket.
AlloCiné
Alumniportal Deutschland
Animal Diversity Web
A Tengeri Élőlények Világkatalógusa
A világ emlősei
A világ növényei
BIBSYS
Bildindex der Kunst und Architektur
Biotechnológiai Információk Nemzeti Központja
Box Office Mojo
BugGuide
ChEBI
ChEMBL
CORDE
Curlie
DMOZ
DrugBank
EBird
Encyclopedia of Life
Ethnologue
Európa Faunája
FishBase
Fossilworks
Fussballdaten.de
Genetikai Alapanyag Kutatás Információs Hálózata
GfK Chart-Track
Globális Biodiverzitás Információs Megállapodás
Grafikaportál
HanCinema
Holland Életrajzi Portál
Hungaricana
INaturalist
Integrated Taxonomic Information System
Internetes Szinkron Adatbázis
Internet Broadway Database
Internet Movie Database
Izeltlabuak.hu
Kína Flórája
KEGG
MúzeumDigitár
Metacritic
MusicBrainz
Növénynevek Nemzetközi Katalógusa
Numbeo
On-Line Encyclopedia of Integer Sequences
Plants for a Future
Plazi
PORT.hu
PubChem
Rotten Tomatoes
RTECS
The Plant List
The World Factbook
Tropicos
Union List of Artist Names
Vörös lista
Wikimapia
WorldCat
World Checklist of Selected Plant Families
Xeno-canto
ZooBank
A lap szövege Creative Commons Nevezd meg! – Így add tovább! 3.0 licenc alatt van; egyes esetekben más módon is felhasználható. Részletekért lásd a felhasználási feltételeket.